Kontroly sú zamerané na najčastejšie porušenia zákona, a to na každodenné prijímanie elektronických úradných správ prostredníctvom elektronickej schránky úradu, na spôsob vytvárania úradných dokumentov v elektronickej podobe, podpisovanie elektronických úradných dokumentov prostriedkami autorizácie podľa zákona o e-Governmente, teda kvalifikovanou elektronickou pečaťou alebo mandátnym certifikátom s pripojenou kvalifikovanou elektronickou časovou pečiatkou. Rovnako je v praxi dôležité skontrolovať a prípadne vysvetliť, aby si úrady overovali stav aktivácie elektronickej schránky u adresáta, ktorému idú úradný dokument doručiť a nespoliehali sa na to, že občan nemá elektronickú schránku aktivovanú.  Ak adresát nemá aktivovanú elektronickú schránku,  je potrebné správne vyhotoviť listinný rovnopis. Úrady často robia aj chybu pri vyhotovovaní doložky právoplatnosti a vykonateľnosti v podobe elektronického formuláru. Cieľom kontrol je, aby čo najviac samospráv skvalitnilo výkon verejnej moci elektronicky a občania vybavili svoju agendu bez zbytočných komplikácií. Aj preto sa MIRRI SR dohodlo na spolupráci so Združením hlavných kontrolórov miest a obcí Slovenskej republiky, ktoré tiež bude pri svojich kontrolách v obciach a mestách kontrolovať dodržiavanie zákona o e-Governmente.