Hlavným poslaním a cieľmi ZHK SR sú:

1. podpora zodpovedajúceho verejného, odborného, pracovného a sociálneho postavenia hlavných kontrolórov miest a obcí a zamestnancov ich útvarov, najmä legislatívnou formou, ako aj vytváranie možností zvyšovania ich kvalifikácie,
2. podpora nezávislého, objektívneho a kvalifikovaného výkonu kontrolnej činnosti a prezentácii jej výsledkov vrátane zverejňovania aktuálnych problémov,
3. využívanie podnetov, pripomienok, námetov a sťažností občanov zameraných do oblasti pôsobenia a na činnosť ZHK SR, ako aj vlastných poznatkov na efektívny výkon a účinné pôsobenie kontroly,
4. napomáhanie mimosúdnej ochrany práv členov ZHK SR,
5. sprostredkúvanie informácií členom ZHK SR formou školení, odborných konferencií, pracovných stretnutí, publikačnou činnosťou a poskytovaním odbornej konzultačnej činnosti,
6. spolupráca s obdobnými inštitúciami v SR a v krajinách EÚ,
7. predkladanie návrhov a vyjadrovanie sa k návrhom právnych predpisov týkajúcich sa kontroly v samospráve.