Úrad v rámci prioritných oblastí svojej kontrolnej činnosti zadefinoval kľúčovú prioritu, ktorá je naviazaná na hodnotenie verejných politík, posúdenie relevantnosti a prospešnosti strategických dokumentov o udržateľnom rozvoji spoločnosti. Témy kontrolných akcií na rok 2020 vychádzajú z desiatich prioritných oblastí pre roky 2018-2020, pokrývajúcich  od vzdelávania, cez zdravie, sociálne politiky až po eurofondy (príloha č. 1). Tri prioritné oblasti pre budúci rok boli definované na základe porovnania objemu vynaložených výdavkov a pozície Slovenska v medzinárodnom rebríčku. Motiváciou úradu je prispievať k pozitívnym zmenám v hospodárení verejnej správy, k efektívnejšiemu a účinnejšiemu využívaniu verejných zdrojov a snaha pomôcť v rozhodovacom procese lepšie reagovať na sociálne alebo politické potreby. V konečnom dôsledku tak pomôcť k zlepšeniu života občanov. „Snažíme sa reagovať na aktuálne problémy, ktoré majú vplyv na verejné zdroje. Aj tento  zmeny majú významný vplyv na to, že kontrola je stále vo vývoji, že poslanie nezávislých národných autorít sa posúva a vyvíja. Odklonili sme sa od klasických kontrol súladu a zameriavame sa na hodnotenie verejných politík (príloha č. 2). Preveruje sa pritom príčinný vzťah medzi  verejným konaním a jeho účinkami.“, konštatuje K. Mitrík. /https://www.youtube.com/watch?v=TXJTImyx4_0/.

Prioritné oblasti zamerania kontrolnej činnosti na roky 2018 – 2020:

1.  Vzdelávanie, výskum, vývoj a inovácie

2.  Efektívna a transparentná verejná správa

3.  Zdravie

4.  Zamestnanosť a podnikateľské prostredie

5.  Trvalo udržateľná spotreba a výroba, energetická efektívnosť

a environmentálna udržateľnosť

6.  Udržateľné verejné financie a fiškálna politika

7.  Sociálne politiky

8.  Dopravná infraštruktúra a informačno-komunikačné technológie

9.  Obrana a bezpečnosť

10. Európske štrukturálne a investičné fondy